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微生物菌種是生物個體微生態系的成員，它們隨著生物個體生長發育而繁殖、演替，隨著個體組織生理變化而轉移、變遷。可見，內生共生菌是植物益生菌的。這種菌株有四個特點：*，具有高度的安全性，目標菌株是生物個體微生態系成員，因此．它不可能對生物個體產生污染、傷害；第二，目標菌株是內生共生菌，同生物個體親和力強，因此，目標菌在生物個體內易定植、易繁殖；第三，利用內生共生菌可在生物體內定植、繁殖、轉移的特性，以它為載體，將有效基因組建到內生共生菌內，構建微生態工程菌；第四，內生共生菌只在一定時間、一定空間起作用，而且不改變生物個體本身遺傳基因，因此，它是很安全的。

方法提要

收集樣本植株或各部位的組織沖洗24 h，嚴格進行表面消毒，然后搗碎制成懸浮液，沉淀后取上清液，利用劃線或稀釋平板法接種于牛肉汁平板培養基上培養24 h，選取芽孢桿菌代表性的單菌落進行涂片、染色和鏡檢，選取單菌落移到斜面培養基上編號、培養，然后進行室內生物測定。選擇生物測定較佳的純菌株再進行田間試驗，選擇通過兩年田間試驗或多點試驗表現增產、防病等效果好并經安全性檢查對人、畜及植物無害，對環境無污染的菌株，才可提供使用。

技術指標

采集的樣本植株要在80℃水浴鍋內加熱處理10～20 min，以殺死雜菌；分離得到的微生物菌種菌株，應在28～35℃溫度下培養18～24 h，此為芽孢桿菌zui適宜生長的環境；將待生物測定的作物，包括種子、植株或塊(根)莖，置于含芽孢桿菌10CFU／mL濃度的懸浮液中浸泡1 h。

樣本的采集

(1)直接采樣方法要求取樣時應注意以下3點：樣本植株應與所選的益微將來要施用的作物相一致；要選擇在產量、品質或各種抗逆性方面比同類植株有明顯優勢的植株；選好樣品植株后，進行編號、登記，立即分離或置于4℃條件下保存。

(2)間接采樣方法如采取樣本植株有困難，可選采集不同地區的土壤，在室內種植作物，按直接采樣方法規定的原則采集樣本植株。

菌種分離

(1)分離取樣本植株的根、莖、葉、花和果實、種子或塊莖(根)組織沖洗24 h，嚴格進行表面消毒，然后取組織10 g剪碎，放入裝有40 mL無菌水和10粒無菌玻璃球的三角瓶中，經200～300 r／min振蕩10 min(如分離表皮以內的細菌，則先經0．5％漂白粉液表面消毒3～5 min，用無菌研缽研碎后，再振蕩)，靜置0．5 min，用滅菌吸管取5 mL上清液注入滅菌試管內備用。

(2)培養  將盛有上清液的試管置于80℃的水浴鍋內恒溫處理20 min，然后用滅菌移種環蘸取試管內處理液，在蛋白胨培養基平板上劃線分離，28～35℃下培養24 h后再觀察。

(3)菌落挑選根據細菌在平板培養基上形成菌落的形態，如菌落大小、形狀為圓或不規則形，邊緣毛狀，菌苔厚或薄，起皺、光滑或粗糙，色澤透明或暗等不同特征，挑選不同類型的單菌落(如菌落不純應進行純化)，分別進行涂片、芽孢染色法染色和鏡檢。通過鏡檢，凡芽孢染成綠色、菌體染成紅色的則可確定為芽孢桿菌。將微生物菌種的菌落編號并轉移到斜面培養基上，置28～35℃的溫箱中培養24h，取出放在冰箱保存，待生物測定。