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微生物菌劑ATCC菌種的作用主要是與營養元素的來源和有效性有關，或與作物吸收營養、水分和抗病有關，總的來說以下幾個方面：
1）增進土壤肥力這是微生物菌劑的主要功效，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和保護植物根免受病原微生物的入侵和土壤顆粒的損失。
2）和協助農作物吸收營養微生物菌劑中zui重要的品種之一是根瘤菌劑。其中的根瘤菌可以侵染豆科植物根部，在其根部形成根瘤，生活在根瘤里的根瘤菌類菌體利用豆科植物寄主提供的能量將空氣中的氮氣轉化成氨，進而轉化成谷氨酰胺和谷氨酸類植物能吸收利用的氮素化合物，ATCC菌種供給豆科植物的氮素需求，這就是生物固氮，也就是根瘤菌在根瘤中的生命活動給豆科植物寄主和提供了氮素營養來源。氮素營養中生物固氮約占68%，化肥只占32%。根瘤菌的共生固氮是解決人類氮素來源的一個重要方面，其作用不可低估。VA菌根是一種土壤真菌，它可以與多種植物根共生，其菌絲伸出根部很遠，可以吸收更多的營養供給植物吸收利用，其中以對磷的吸收zui明顯。對移動緩慢的元素如鋅、銅、鈣等元素也有加強吸收的作用。除此以外，許多用作微生物菌劑的微生物還可以產生大量的植物生長激素，能夠刺激和調節植物生長，使植物生長健壯，營養狀況得到改善。
3）增強植物抗病和抗旱能力有些微生物菌劑的菌種接種后，由于在植物根部大量生長繁殖，成為植物根際的優勢菌，除了它們自身的作用外，還由于它們的生長、繁殖、抑制或減少了病原微生物的繁殖機會，有的還有拮抗病原微生物的作用，起到減輕植物病害的功效。菌根真菌則由于在植物根部的大量生長，其菌絲除了吸收有益于植物的營養元素外，還可增加水分吸收，ATCC菌種利于提高植物的抗旱能力。