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微生物菌種在培養或保藏過程中，由于自發突變的存在，出現某些原有優良性狀的劣化、遺傳標記的丟失等現象，稱為菌種衰退。菌種衰退不是突然發生的，而是從量變到質變的逐步演變過程。菌種衰退的主要原因是有關基因的負突變。合理的育種、選用合適的培養基、創造良好的培養條件、采用有效的菌種保藏方法等可以有效的防止菌種的退化。常用的菌種保藏方法有斜面低溫保藏法、液體石蠟保藏法、濾紙保藏法、沙土保藏法、液氮冷凍保藏法、冷凍干燥保藏法。

菌種衰退不是突然發生的，而是從量變到質變的逐步演變過程。開始時，在群體細胞中僅有個別細胞發生自發突變(一般均為負變)，不會使群體菌株性能發生改變。經過連續傳代，群體中的負變個體達到一定數量，發展成為優勢群體，從而使整個群體表現為嚴重的衰退。

預防措施

合理的育種

微生物菌種選育菌種時所處理的細胞應使用單核的，避免使用多核細胞;合理選擇誘變劑的種類和劑量或增加突變位點，以減少分離回復;在誘變處理后進行充分的后培養及分離純化，以保證保藏菌種純碎。這些可有效的防止菌種的退化。

選用合適的培養基

有人發現用老苜蓿根汁培養基培養"5406"抗生菌--細黃鏈霉菌可以防止它的退化。在赤霉菌產生菌--藤倉赤霉的培養基中，加入糖蜜、天門冬素、谷氨酰胺、5-核苷酸或甘露醇等物質時，也有防止菌種退化的效果。也有選取營養相對貧乏的培養基做菌種保藏培養基，如培養基中適當限制容易利用的糖源葡萄糖等的添加，因為變異多半是通過菌株的生長繁殖而產生的，當培養基營養豐富時，菌株會處于旺盛的生長狀態，代謝水平較高，為變異提供了良好的條件，大大提高了菌株的退化幾率。

創造良好的培養條件

在實踐中，創造和發現一個適合原種生長的條件可以防止菌種退化，如低溫、干燥、缺氧等。在棲土曲霉3.942 的培養中，有人曾用改變培養溫度的措施(從20-30℃提高到33-34℃)來防止它產孢子能力的退化。

控制傳代次數

由于微生物存在著自發突變，而突變都是在繁殖過程中發生而表現出來的。所以應盡量避免不必要的移種和傳代，把必要的傳代降低到zui低水平，以降低自發突發的機率。菌種傳代次數越多，產生突變的幾率就越高，因而菌種發生退化的機會就越多。這要求不論在實驗室還是在實踐上，必須嚴格控制菌種的移種傳代次數，并根據菌種保藏方法的不同，確立恰當的移種傳代的時間間隔。如同時采用斜面保藏和其它的保藏方式(真空凍干保藏、砂土管、液氮保藏等)，以延長微生物菌種保藏時間。