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1．純種分離法

通過純種分離，可將衰退菌種細胞群體中一部分仍保持原有典型性狀的單細胞分離出來，經擴大培養，就可恢復原菌株的典型性狀。常用的分離純化的方法可歸納成兩類：一類較粗放，只能達到“菌落純”的水平，即從種的水平來說是純的。例如采用稀釋平板法、涂布平板法、平板劃線法等方法獲得單菌落。另一類是較精細的單細胞或單孢子分離方法。它可以達到“細胞純”即“菌株純”的水平。后一類方法應用較廣，種類很多，既有簡單的利用培養皿或凹玻片等作分離室的方法，也有利用復雜的顯微操縱器的純種分離方法。對于不長孢子的絲狀菌，則可用無菌小刀切取菌落邊緣的菌絲進行分離移植，也可用無菌毛細管截取菌絲單細胞進行純種分離。

2．宿主體內復壯法

對于寄生性微生物的衰退菌株，可通過接種到相應昆蟲或動植物宿主體內來提高菌株的毒性。例如蘇云金芽孢桿菌經過長期人工培養會發生毒力減退、殺蟲率降低等現象，可用退化的菌株去感染菜青蟲的幼蟲，然后再從病死的蟲體內重新分離典型菌株。如此反復多次，就可提高菌株的殺蟲率。根瘤菌屬經人工移接，結瘤固氮能力減退，將其回接到相應豆科宿主植物上，令其侵染結瘤，再從根瘤中分離出根瘤菌，其結瘤固氮性能就可恢復甚至提高。

3．淘汰法

將衰退菌種進行一定的處理(如藥物，低溫、高溫等)，往往可以起到淘汰已衰退個體而達到復壯的目的。如有人曾將“5406”的分生孢子在低溫(一30～一10℃)下處理5～7 d，使其死亡率達到80％，結果發現在抗低溫的存活個體中留下了未退化的健壯個體。

4．遺傳育種法

即把退化的菌種，重新進行遺傳育種，從中再選出高產而不易退化的穩定性較好的菌種。