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（1）按研究微生物的基本生命活動(dòng)規(guī)律為目的來(lái)分 總學(xué)科稱(chēng)普通微生物學(xué)（General Microbiology），分科如微生物分類(lèi)學(xué)，微生物遺傳學(xué)，微生物生理學(xué)，微生物生態(tài)學(xué)和分子微生物學(xué)等。
 
（2）按微生物應(yīng)用領(lǐng)域來(lái)分 總科學(xué)稱(chēng)應(yīng)用微生物學(xué)（Applied Microbiology），分科如工業(yè)微生物學(xué)，農(nóng)業(yè)微生物學(xué)，醫(yī)學(xué)微生物學(xué)，藥用微生物學(xué)，診斷微生物學(xué)，抗生素學(xué)和食品微生物學(xué)等。
 
（3）按研究的微生物對(duì)象分 如細(xì)菌學(xué)，真菌學(xué)（菌物學(xué)），病毒學(xué)，原核生物學(xué)，自養(yǎng)生物學(xué)和厭氧菌生物學(xué)等。
 
（4）按微生物所處的生態(tài)環(huán)境分 如土壤微生物學(xué)，微生態(tài)學(xué)，海洋微生物學(xué)，環(huán)境微生物學(xué)，水微生物學(xué)和宇宙微生物學(xué)等。
 
（5）按學(xué)科間交叉、融合分 如化學(xué)微生物學(xué)，分析微生物學(xué)，微生生物工程學(xué)，微生物化學(xué)分類(lèi)學(xué)，微生物數(shù)值分類(lèi)學(xué)，微生物地球化學(xué)和微生物信息學(xué)等。