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人正常組織來源細胞細菌：細菌在普通倒置顯微鏡下為黑色細沙狀，根據感染細菌的不同，可有不同的外形，培養液一般會渾濁變黃，對細胞生長影響明顯。
支原體：黑色的，好象多為多形，培養液一般培養液一般會渾濁，原體感染，國內血清很多都沒有做支原體陰性檢測，而支原體是牛血清中zui常見的微生物之一。而且它不能用過濾的辦法除去。
黑膠蟲：可以穿透濾膜，也可以通過空氣傳播，低倍下為黑色點狀，高倍下可看見黑色的小蟲游來游去，培養液也是不渾的，一般不會太影響，細胞還是可以用的。常常是細胞生長狀態良好，且觀測到的運動物無明顯增多，且培養液顏色、透明度無明顯變化，可在同一批號的血清養的細胞中發現類似現象。對細胞生長狀態不會有明顯影響，在細胞增殖旺盛之后會自然消失，除更換血清外無須特殊處理。
真菌：一般培養液清亮，不變色，鏡下有絲狀物，有些真菌開始很像死細胞碎片，只是它很多很多的小塊很清楚，象珊瑚狀，不象人正常組織來源細胞碎片分不清，慢慢的會長出很細的黑色絲狀物。真菌生長的比較慢，不象細菌那么容易被發現，但是一旦發現有它的存在細胞就被污染了，也很難救活了。
原蟲：培養液可輕微渾濁，顯微鏡下那些細小的點狀物數量非常多，輕微活動，細胞雖然可以生長但繁殖速度卻明顯減慢，而且細胞狀態不好，邊緣不清楚，細胞不透亮。他們與細胞可共生但會與細胞爭奪營養。這種共生是非常普遍的，但他們的數量小，細胞站優勢所以不會影響到細胞的正常生長，只有當他們到達一定的數量時就會影響到細胞的生長，zui終形成惡性循環。
病毒：組織細胞培養過程中，如果沒有除去潛在的病毒，就會產生病毒污染。目前，從原代猴腎細胞的培養中已發現不少于20種血清性病毒。 
盡管病毒污染的細胞不影響原代培養，但疫苗是不安全的。因此，潛在病毒是細胞大量和疫苗、干擾素等生物制品制作中的難題。
非同種細胞污染 ：即是細胞交叉污染，由于細胞培養操作時各細胞株所需的器材和溶液沒有嚴格分開，往往會使一種細胞被另一種細胞污染。目前，世界上已有幾十種細胞都被HeLa細胞所污染，致使許多實驗宣告無效。非細胞培養物所造成的化學成分的污染也偶有發生，大多是由于人正常組織來源細胞培養所需物品清洗消毒不*而帶入一些有毒化學物質所致。