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1、直接觀察。對引進菌種，先觀察包裝是否合乎要求，棉塞有無松動，試管、玻璃瓶和塑料袋有無破損，棉塞和管、瓶或袋中有無病蟲侵染，菌絲色澤是否正常，有無發生變化。然后在瓶塞邊作深吸氣，聞其是否具備*的香味。原種和栽培種可取出小塊菌絲體觀察其顏色和均勻度，并用手指捏料塊檢驗含水量是否符合標準。

2、顯微鏡檢驗。若菌絲透明，呈分枝狀、有橫隔、鎖狀聯合明顯，再加上具有不同品種固有的特征，則可認為是合格菌種。
3、觀察菌絲長速。將供測的菌種接入新配制的試管斜面培養基上，置于zui適宜的溫、濕度條件下進行培養，如果菌絲生長迅速、整齊濃密、健壯有力，則表明是優良菌種，否則即是劣質菌種。
4、出菇實驗。經過檢驗后，認為是優良菌種的，可進行擴大轉管；同時可取一部分母種用于出菇（耳）試驗，出菇實驗常用的方法有瓶栽法和壓塊法兩種，置zui適宜溫濕條件下培養，觀察菌絲生長速度、轉管快慢、吃料能力、出菇速度、子實體形態、產量和質量等來綜合評價菌種質量優劣。

  多黏類芽孢桿菌
 蘑菇假單胞菌
 產堿假單胞菌
 橙色粘球菌
 黃色粘球菌
 弱小珊瑚桿菌
 葉柄粘球菌
 侵蝕侏儒囊菌
 變綠粘球菌
 紫色孢囊桿菌
 孢囊桿菌
 匣狀粘球菌
 過渡原囊菌
 丁酸梭菌
 鮑曼不動桿菌
 類干酪乳桿菌
 植物乳桿菌(胚芽乳桿菌)
 短乳桿菌
 凝結芽孢桿菌
 金黃色葡萄球菌
 居海洛克氏菌
 香港洛克氏菌
 海洋海棲菌
 威尼斯不動桿菌
 地衣芽孢桿菌
 羅伊氏乳桿菌
 惰性解油螺旋菌
 糞腸球菌(糞鏈球菌)
 大腸埃希氏菌(大腸桿菌)
 越南伯克霍爾德氏菌
 西伯利亞庫特氏菌