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愛(ài)必信(上海)生物科技有...

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愛(ài)必信多色分析服務(wù)--HALO病理圖像分析

閱讀:268      發(fā)布時(shí)間:2024-10-14
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病理檢查一直被譽(yù)為疾病診斷的“金標(biāo)準(zhǔn)",是認(rèn)識(shí)疾病本質(zhì)的理論基礎(chǔ),病理學(xué)診斷在醫(yī)學(xué)診斷中常被認(rèn)為是“quan威診斷",意義重大。但傳統(tǒng)的病理診斷面臨著主觀因素大,缺乏客觀數(shù)據(jù);效率低,耗費(fèi)大量時(shí)間;沒(méi)有精準(zhǔn)的統(tǒng)計(jì),重復(fù)性低等缺陷。為此,科學(xué)家們也一直在尋求和創(chuàng)造新的分析技術(shù)及方法:數(shù)字病理,全切片影像系統(tǒng),機(jī)器學(xué)習(xí),人工智能....

 

愛(ài)必信多色分析服務(wù)--HALO病理圖像分析

 

病理診斷的工作很復(fù)雜,但是病理圖像分析的流程卻很簡(jiǎn)單:從標(biāo)準(zhǔn)化制片到染色、掃描成全切片數(shù)字圖像、再到最后的圖像分析及管理和共享,前面的三步隨著設(shè)備升級(jí)、技術(shù)發(fā)展已經(jīng)能夠高效率進(jìn)行。最后一步的切片觀察難度依然很大,現(xiàn)階段需要憑靠病理學(xué)家們豐富的科研經(jīng)驗(yàn)進(jìn)行判斷,如遇到大批量一起的切片,就非常耗費(fèi)時(shí)間與人力。

 

多色老師:我成像完了以后想要做數(shù)據(jù)分析,你們有什么軟件推薦嗎?

小愛(ài):目前市面上數(shù)據(jù)分析軟件還是比較多的,像免費(fèi)的您可以下載imageJ、Qupath,缺點(diǎn)就是用法都需要您自行摸索;我們公司安裝的是HALO和StrataQuest兩款軟件,HALO病理圖像分析平臺(tái),StrataQuest是我們TG的掃描儀平臺(tái)自帶的(基本所有的病理領(lǐng)域的分析需求都能滿足,可以出組織流式散點(diǎn)圖,直方圖),從功能、分析的精準(zhǔn)度和可操作性來(lái)說(shuō),肯定是大大優(yōu)于開(kāi)源軟件的,且有軟件專業(yè)的技術(shù)支持團(tuán)隊(duì)能夠答疑解惑。您可以根據(jù)您的實(shí)際情況選擇合適的分析軟件,如果您實(shí)在無(wú)從下手,也可以找Absin,我們可以提供數(shù)據(jù)分析的服務(wù)~

 

那么接下來(lái)小愛(ài)給大家介紹的HALO,就是針對(duì)病理診斷的難點(diǎn)痛點(diǎn)而誕生的一個(gè)精準(zhǔn)簡(jiǎn)便的病理圖像分析平臺(tái)。HALO可兼容市場(chǎng)上大多數(shù)掃描儀掃出的圖像文件格式(LEICA, Hamamatsu, 3D Histech, Zeiss, Akoya, KFBIO, JPG, TIFF),這些圖像可直接導(dǎo)入HALO軟件,無(wú)需任何格式轉(zhuǎn)換即可進(jìn)行編輯和分析。  廣泛的應(yīng)用于神經(jīng)科學(xué)、代謝組學(xué)、腫瘤學(xué)、毒理病理學(xué)等領(lǐng)域的病理圖像定量研究中。

 

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mIHC定量分析內(nèi)容:

總分析區(qū)域的細(xì)胞數(shù)/細(xì)胞核數(shù),各marker細(xì)胞數(shù)/細(xì)胞核數(shù),各marker細(xì)胞數(shù)目/細(xì)胞核數(shù)占比,各marker陽(yáng)性細(xì)胞平均熒光強(qiáng)度值,每平方微米的平均細(xì)胞數(shù)/細(xì)胞核數(shù),面積計(jì)數(shù)及多染細(xì)胞的共定位信息等...

 

空間分析內(nèi)容:

(a)最近鄰分析;(b)鄰近度分析;(c)浸潤(rùn)分析;(d)密度熱圖分析

 

1、最近鄰分析(Nearest Neighbor確定任何兩個(gè)單元格或?qū)ο笕褐g的平均距離和唯YI鄰居的數(shù)量。

 

1)類群A數(shù)量【Population A Cells–檢測(cè)到的類群A的總數(shù);

2)到類群B的平均距離【Average Distance (µm) to Population B(μm) – 類群A到類群B的平均距離(μm);

3)唯YI類群B的數(shù)量【Number of Unique Population B– 檢測(cè)到的唯YI類群B的總數(shù)。

 

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2、鄰近度分析(Proximity Analysis計(jì)算與另一個(gè)對(duì)象或單元格一定距離內(nèi)的單元格或?qū)ο蟮臄?shù)量。

 

1)類群A數(shù)量【Population A Count– 檢測(cè)到的類群A的總數(shù);

2)類群B數(shù)目【Population B Count– 檢測(cè)到的類群B的總數(shù);

3)在類群A輸入范圍內(nèi)的類群B的數(shù)量【Population A within input range µm of Population B– 在類群A的輸入范圍內(nèi)檢測(cè)到的類群B的總數(shù);

4)在類群A輸入范圍內(nèi)的類群B的百分比【% Population A within input range µm of Population B– 在類群A的輸入范圍內(nèi)檢測(cè)到的類群B的百分比;

5)到類群B的平均距離【Average Distance (µm) to Population B(μm) – 類群A到類群B的平均距離(μm);

6)唯YI類群B的數(shù)量【Number of Unique Population B– 檢測(cè)到的唯YI類群B的總數(shù);

7)在類群A輸入范圍內(nèi)的類群B的平均數(shù)量【Average number of Population A within input range µm of Population B—在類群A的輸入范圍內(nèi)檢測(cè)到的類群B的平均數(shù)量。


如下所示可以得到zhi定范圍內(nèi)Immune Positive≤500µm和Immune Positive>500µm的原始數(shù)據(jù)和圖片。

 

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3、浸潤(rùn)分析(Infiltration Analysis確定感興趣的注釋區(qū)域的設(shè)置范圍內(nèi)的單元格或?qū)ο蟮臄?shù)量。

 

1)類群A數(shù)量【Population A Count– 檢測(cè)到的類群A的總數(shù);

2)交界區(qū)域內(nèi)的類群A的數(shù)量 Population A within interface area– 在界面區(qū)域內(nèi)檢測(cè)到的類群A的總數(shù);

3)類群A到交界線的平均距離【Population A average distance to interface– 類群A到交界線的平均距離(µm);

4)交界區(qū)域的面積【Total interface area(mm2) – 總交界區(qū)域的總面積;

5)每平方毫米內(nèi)類群A的平均密度【Population A average density per mm2– 每平方毫米內(nèi)類群A的平均密度。


如下所示可以分析交界面外的免疫陽(yáng)性細(xì)胞、交界面中的免疫陽(yáng)性(內(nèi)部)細(xì)胞和交界面中的免疫陽(yáng)性(外部)細(xì)胞,且可以提供浸潤(rùn)直方圖(負(fù)值對(duì)應(yīng)于交界面內(nèi)部區(qū)域,正值對(duì)應(yīng)于交界面外部區(qū)域)。

 

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4、密度熱圖分析(Density Heatmap計(jì)算和可視化分析區(qū)域內(nèi)的細(xì)胞或?qū)ο蟮拿芏取?/span>

 

1)分析區(qū)域面積【Area Analyzed(µm2) – 分析區(qū)域的總面積,單位為µm2;

2)細(xì)胞群數(shù)量【Cell Population Count– 檢測(cè)到的細(xì)胞群的數(shù)量;

3)距離設(shè)定半徑內(nèi)的平均細(xì)胞數(shù)量【Average Cell Population within Distance µm Radius– 在每個(gè)像素周圍設(shè)置的半徑內(nèi)計(jì)數(shù)的細(xì)胞類群的平均數(shù)量。將值相加并除以ROI內(nèi)的像素?cái)?shù)。該輸出值等于平均細(xì)胞類群密度輸出乘以給定半徑的圓的面積;

4)平均細(xì)胞類群密度(細(xì)胞種群/µm2– 此輸出將上述指標(biāo)縮放為每個(gè)區(qū)域的平均對(duì)象數(shù)量單位。在用戶定義的每個(gè)像素周圍的區(qū)域內(nèi)計(jì)數(shù)的對(duì)象的平均密度除以給定半徑的圓的面積;

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5)距離設(shè)定半徑內(nèi)的最小細(xì)胞類群數(shù)量 – 在每個(gè)像素周圍用戶定義的區(qū)域內(nèi)計(jì)數(shù)的最小對(duì)象數(shù);

6)最小細(xì)胞類群群密度(細(xì)胞群/µm2– 在每個(gè)像素周圍用戶定義的區(qū)域內(nèi)計(jì)數(shù)的對(duì)象的最小密度;

 

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7)距離設(shè)定半徑內(nèi)的最大細(xì)胞類群數(shù)量 – 在每個(gè)像素周圍的用戶定義區(qū)域內(nèi)計(jì)數(shù)的最大對(duì)象數(shù);

8)最大細(xì)胞群密度(細(xì)胞群/µm2– 在每個(gè)像素周圍用戶定義的區(qū)域內(nèi)計(jì)數(shù)的對(duì)象的最大密度。

 

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Absin產(chǎn)品線:

爆款產(chǎn)品:試劑盒(mIHC、IHC、凋亡、ELISA、ChIP、Co-IP、TR-FRET、生化檢測(cè)、殘留檢測(cè)、多因子檢測(cè));細(xì)胞培養(yǎng)(類器官試劑盒+基質(zhì)膠,胎牛血清+培養(yǎng)添加劑+細(xì)胞因子)、分化試劑盒;分子(mRNA合成服務(wù)+提取試劑盒);化合物大包裝;輔助試劑、耗材/儀器、定制服務(wù)(抗體/多肽/蛋白/標(biāo)記/檢測(cè))...

特色產(chǎn)品:雞胚提取物CEE、B27、N2、霍亂毒素B亞單位CTB、牛腦垂體提取物BPE、百日咳毒素PTX、重組人胰島素Insulin、人源低密度脂蛋白LDL...

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