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mRNA常見FAQ合集Ⅰ/有問題先找FAQ!

閱讀:821      發布時間:2023-6-19
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Q1:線性mRNA各組件概念及功能?



圖1 線性mRNA結構示例

 

A1(1)5’-Cap:通常作為mRNA的起始結構,帽子結構可以使得mRNA進入體內以后開始翻譯,并維持mRNA的穩定性。

2)UTR(Untranslated Regions):即非翻譯區,是mRNA分子兩端的非編碼片段。5'-UTR從mRNA起點的甲基化鳥嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密碼子,3'-UTR從編碼區末端的終止密碼子延伸至多聚A尾巴(Poly-A)的前端。5'-UTR,可以提高mRNA在體內翻譯的效率;3'-UTR,可以提高mRNA的翻譯效率。

3)CDS序列(Coding sequences):一般可以在NCBI上查到,是與蛋白區域一一對應的序列,并且序列中間不存在其他與蛋白無關的序列,和真實情況最為接近。不同物種的CDS序列有一定的偏好性,因此,對CDS區域進行廣泛的篩選和設計顯得尤為關鍵,優化的CDS區域不僅可以提高mRNA的翻譯效率,同時修飾堿基的使用,可以進一步的降低mRNA在體內的免疫原性,增強藥物表現。開放閱讀框ORF(Open reading frame)它是理論上的蛋白編碼區,一般是先在序列中尋找起始密碼子(AUG)對應的序列ATG,然后按每3個堿基一組向后延伸,一直到出現終止密碼子(UAG、UGA、UAA)對應的序列。

4)Poly(A)tail:進一步提高mRNA的穩定性,提高mRNA的翻譯效率。



Q2:環狀RNA中IRES結構及功能



圖2 環狀mRNA結構示例

 

A2:IRES為核糖體的結合位點,該結構可啟動環狀mRNA的翻譯,它跟線性mRNA的帽結構類似。IRES避免了環狀mRNA必須添加昂貴的5’端帽子和繁瑣的Poly(A)尾巴。



Q3:環狀RNA環化的方式是什么?

A3參考Anderson發表的文章,本公司環狀mRNA環化的方式是添加同源臂內含子自剪切方式。



Q4:線性mRNA5種修飾堿基各有什么區別和作用?

A4不同核苷酸修飾表現出不同的功能和作用,其中假尿苷修飾和甲基假尿苷修飾是應用最為廣泛的,具體選擇哪一種修飾應當根據實驗確定。

(1)Pseudo-UTP(Ψ)假尿苷:改變密碼子、增強轉錄本穩定性和應激反應應答。降低mRNA免疫原性,提高mRNA穩定性并增強其翻譯能力;

(2)N1-Methylpseudo-UTP(mΨ)甲基假尿苷:通過增加核糖體密度以elF2α依賴性和獨立機制增強翻譯,比假尿苷修飾更能降低mRNA免疫原性,并可增強mRNA的蛋白表達能力;

(3)N6-Methyl-ATP(m6A):與mRNA穩定性、剪接加工以及microRNA 加工有關,可促進mRNA翻譯;

(4)5-Methyl-CTP(5mC):5mC修飾連同多種效應酶,執行多種功能; 5mC的分布因細胞類型而異,在mRNA特定位置上的5mC修飾表現出不同的調控活性:它們可以促進或抑制翻譯;

(5)5-Methoxy-UTP(5moU):可以降低所得mRNA的免疫原性,促進蛋白表達,對炎性巨噬細胞反應的誘導可忽略不計。



Q5:修飾堿基、帽結構一般推薦什么或者通用的是什么?

A5:我司一般用N1-甲基-假尿苷(N1-Methylpseudo-UTP)修飾堿基進行合成產品。通用帽結構采用的是Cap1 AG(化學共轉錄法加帽),客戶若有附加質控,我們可提供Cap ratio檢測。

 

Q6Fluc mRNA表達的是什么熒光素?

A6FLuc mRNA表達了一個最初從螢火蟲中提取的螢光素酶蛋白,可以催化螢火蟲螢光素D-Luciferin氧化成發光物質,發出黃綠色螢光。



Q
7:Fluc-mRNA帶cy5熒光標記,做實驗的時候需要避光嗎?

A7:最好將Fluc-mRNA進行避光實驗操作、避光保存,因為要防止熒光淬滅影響實驗結果。



Q8:mRNA保存條件是什么?

A8需要低于-40°C保存,-80℃冰箱或液氮保存都可以,愛必信所提供的均為新鮮生產的產品,為了達到最佳使用效果,請在收到貨物的2個月內使用。若不小心將mRNA短期(例如1天)存放于-20℃,可以在正式實驗之前將mRNA跑瓊脂糖凝膠電泳看其是否降解。


Q9:mRNA未添加帽結構一般可以存放多久呢?

A9mRNA添加了加帽結構我們建議可以-40℃保存2個月,未加帽的mRNA需要盡快使用,因為未添加帽結構的mRNA穩定性會降低,mRNA會受到核酸外切酶的降解。 


Q10:mRNA保存液主要有哪幾種?有什么區別?

A10:我司的mRNA保存溶劑主要有檸檬酸鈉鹽溶液和無核酸酶水兩種。檸檬酸鈉鹽溶液更適合動物體內的生理環境,如果是注射動物可以選擇用檸檬酸鈉鹽溶液保存mRNA;如果是mRNA做包裹后推薦使用無核酸酶水進行保存;如果是做細胞處理實驗,無核酸酶水及檸檬酸鈉鹽溶液都可以選擇,任選其一即可。


Q11:工具RNA的溶劑是什么?

A11我司的工具mRNA通用溶劑一般是1mM檸檬酸鈉鹽溶液,pH為6.4。


工具mRNA --線性mRNA

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Cas9 mRNA

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Cas9 nickase mRNA

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EGFP mRNA

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Fluc mRNA

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mcherry mRNA

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EBFP mRNA

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ECFP mRNA

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mBanana mRNA

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mHoneydew mRNA

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mKate mRNA

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mOrange mRNA

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mPlum mRNA

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mtangerine mRNA

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tdTomato mRNA

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YFP mRNA

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Cre mRNA

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EPO mRNA

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OVA mRNA

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β-gal mRNA

100ug×10

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備注:所有線性RNA均使用Cap AG結構共轉錄加帽,修飾堿基5種可任選其一(5-Methoxy-UTP,5-Methyl-CTP,N1-Methylpseudo-UTP,N6-Methyl-ATP,Pseudo-UTP。)

 




工具mRNA --環狀mRNA

貨號

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產品特征

abs60332

Endless  eGFP mRNA

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Endless  Fluc  mRNA

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Endless  mcherry mRNA

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Endless  Cas9 mRNA

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Endless  EPO mRNA

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Absin特色產品線:

WB相關:ECL發光液、預染marker、預制膠;IHC相關:二抗試劑盒、組化筆;IP/CoIP試劑盒;激動劑/抑制劑;血清、BSA、蛋白酶K、CTB、TTX、CEE;凋亡試劑盒;呼吸爆發試劑盒;ELISA試劑盒;重組蛋白;抗體: 二抗、標簽抗體、對照抗體;定制服務(抗體/多肽/蛋白/標記/檢測)...

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