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研究人員發現相對于細胞株形成的畸胎瘤，由iPS形成的畸胎瘤中的某些基因呈高水平表達。其中的Zg16及 Hormad1兩個基因的異常表達可直接導致遭受特異的免疫攻擊。研究人員表示這些基因在正常情況下處于關閉狀態直至胚胎開始對自身組織形成免疫耐受為止，如此就能確保它們不會被宿主所識別。而iPS的重編程程序有可能改變了這些基因的正常表達。

    長久以來，科學家們在開展iPS研究的過程中把iPS衍生獲得的終末分化細胞例如神經細胞或心肌細胞移植到小鼠體內，證實它們不會引起免疫排斥（但事實上其中的大部分實驗都是在缺乏功能性免疫系統的小鼠上開展的）。并且科學家們在設計治療方案時大多是提出每次將一種由患者自身皮膚細胞生成的分化細胞移植回患者體內，而非畸胎瘤中混雜的多種分化細胞。

    研究人員并不清楚純化的iPS衍生分化細胞是否會受到免疫排斥，或是這一類問題是否僅特異地存在于未分化細胞中。

    然而研究中采用的iPS細胞來源于胚胎皮膚細胞，而非成人皮膚細胞。或許相對于成體細胞，不成熟的皮膚細胞更有可能啟動免疫反應。此外目前尚不清楚畸胎瘤中哪種細胞引起了免疫排斥，以及人類細胞是否會以相同的方式產生反應。有細胞株生物學家認為這一研究或有可能引發科學界對于iPS細胞源性患者特異性移植產生更多的監管憂慮。
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細胞株