通用型氣相色譜儀在水質監測化學污染物的檢測領域中，主要用于有機氯農藥、有機磷農藥、有機化學污染物及微量金屬元素的監測。氣相色譜儀在有機氯農藥的檢測中的應用。有機磷農藥多為磷酸酯類或硫代磷酸酯類，有機磷農藥多為油狀液體，工業品呈淡黃至棕色，具有大蒜臭味。一般不溶于水，而溶于有機溶劑及動植物油，對光、熱、氧均較穩定，遇堿易分解破壞。有機磷農藥可經消化道、呼吸道及完整的皮膚和粘膜進入人體。人體吸收的有機磷農藥在體內分布于各器官，其中以肝臟含量zui大。
通用型氣相色譜儀效液相色譜法與氣相色譜法相比，顯著優點是樣品的適用范圍寬。氣相色譜法雖然也具有快速、分離效率高、樣品用量少等優點，但分析的樣品必須能夠氣化。在所有的化合物中可以直接用氣相色譜法分析的物質只占約20%。而液相法只要求樣品能制成溶液而不需要氣化，因此不受樣品揮發性和熱穩定性限制。通用型氣相色譜儀能用液相進行分析的物質占有機物總量的75-80%。因液相具有適用范圍廣、分率高、速度快、靈敏度高、流動相可選擇范圍寬、色譜柱可反復應用、流出組分容易收集、安全及操作自動化程度高等特點而較廣泛應用于各種分析領域，也是環境和衛生檢測常用的極其重要的分析手段。
通用型氣相色譜儀在微量金屬元素的檢測中的應用，氣相色譜法不僅是分析檢測有機污染物*的重要方法，近年來，在分析水體中某些微量金屬元素方面也取得了一定的發展。液相色譜柱按幾何特性可分為常規柱、快速柱和微量色譜柱，后者又分為細管徑柱、填充毛細管柱和開管柱。近年來，快速柱和微量色譜柱的開發已逐漸引起人們重視。由于柱填充技術的完善和3μm填料的出現，快速柱僅用3-5cm的柱長，就能獲得4000-5000個理論塔板數，能顯著地縮短分析時間和節省大量溶劑。細管徑色譜柱由于分辨率高、檢測靈敏度高、溶劑消耗少及便于聯用技術的實現，具有美好的應用前景。
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