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 染色質免疫共沉淀技術（ChIP） 

染色質免疫共沉淀技術（ChIP）能真實、完整地反映結合在DNA序列上的調控蛋白，是目前確定與特定蛋白結合的基因組區域或確定與特定基因組區域結合的蛋白質的一種很好的方法。采用結合微陣列技術在染色體基因表達調控區域檢查染色體活性，是深入分析癌癥、心血管疾病以及*神經系統紊亂等疾病的主要代謝通路的一種非常有效的工具。

染色質免疫共沉淀CHIP：真核生物的基因組DNA以染色質的形式存在，研究蛋白質與DNA在染色質環境下的相互作用是闡明真核生物基因表達機制的基本途徑。與傳統的EMSA技術相比，染色質免疫沉淀技術（CHIP）能真實完整地反映結合在DNA序列上的調控蛋白，是目前研究體內DNA與蛋白質相互作用的佳方法。
基本原理是在活細胞狀態下以甲醛固定蛋白質－DNA復合物，超聲將其隨機切斷為長度范圍內的染色質小片段，然后加入目的蛋白抗體，通過抗體沉淀靶蛋白-DNA復合物，通過洗脫的方法得到富集的靶蛋白-DNA復合物，特異性地富集目的蛋白結合的DNA的片段，通過對目的片斷的純化與檢測（PCR分析），從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。
該技術主要應用于：1.組蛋白修飾研究 2.轉錄調控分析 3.藥物開發研究 4.有絲分裂研究 5.DNA損傷與凋亡分析。
染色質免疫共沉淀CHIP基本步驟：
1）甲醛處理細胞
2）收集細胞，超聲破碎
3）加入目的蛋白的抗體，與靶蛋白-DNA復合物相互結合
4）加入ProteinA，結合抗體-靶蛋白-DNA復合物，沉淀
5)對沉淀下來的復合物進行清洗，除去一些非特異性結合
6)洗脫，得到富集的靶蛋白-DNA復合物
7)解交聯，純化富集的DNA的片斷
8)PCR或基因芯片分析。

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