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乳腺癌細胞的生長受類固醇激素如雌激素受體（ER）和孕激素受體（PR）等的影響。它們是乳腺癌的生物學標志物，在指導和監測乳腺癌內分泌治療方面起到重要作用。人表皮生長因子受體2（HER2）通過參與多種信號途徑調控細胞的分裂、分化和血管生成，HER2的過表達預示了患者更高的復發風險及更短的存活率。表皮生長因子（EGFR）過表達與乳腺癌的發生發展密切相關，在乳腺癌細胞中存在EGFR自分泌環，分泌EGF并表達其相應的受體EGFR，當EGFR與配體結合后，促進受體酪氨酸激活，使自身磷酸化，提供持續分裂信號到細胞內膜，引起細胞過度增殖。EGFR高表達亦提示患者腫瘤惡性度高、預后不良。甲胎蛋白（AFP）檢測在早期乳腺癌的診斷中也是有價值的，當惡性腫瘤發生時，由于腫瘤浸潤和壞死，鐵蛋白的釋放增加，而肝臟清除它的能力下降，腫瘤細胞的合成增加，導致其濃度增加。腫瘤抑制因子p53能夠對乳腺癌患者疾病的發展進行預測，可以作為疾病評估指標，同時能夠判斷患者預后效果。

已有一些蛋白被鑒定可用作乳腺癌標志物（見表1）

表1 乳腺癌標志物