在免疫印跡實驗中遇到的質控問題之一最常見的就是高背景。當一個高的背景發生時，很難從不相關的數據中區分出相關的數據。一個常見的高背景可以由于很多原因導致同時需要一些工作來解決 -- 因為不解決這些問題，這個印跡無法讀取.
保證緩沖液沒有被污染
一個被污染的緩沖液在免疫印跡中很容易導致高的背景。大多數情況下，由于細菌的存在會導致被污染的緩沖液 -- 但是也有其他的污染物. 當污染物進入到緩沖液中后，他們會影響整個印跡的整體, 包括背景. 解決這種干擾的辦法是將舊的緩沖液全部扔掉，重新配置新緩沖液。
確保操作步驟是*恰當的
另外一個能夠導致高背景的原因是沒有進行恰當的操作步驟。差的膜操作，膜過度曝光， 以及不足的漂洗都會導致高背景。這些問題可以通過恰當操作來解決。當膜變干的時候膜的糟糕操作通常會發生。如果沒有使用正確的化學試劑恰當的潤濕膜會變干; 通常來說是甲醇.
膜的過度曝光也是一個問題 -- 但是它很容易解決. 你所要做的是將膜曝光的時間縮短. 同樣的，不充分的漂洗只是需要將沖洗更加充分*. 漂洗用來去掉過量的抗體. 當很多抗體存在印跡上時，很難將印跡和背景區分開來。改進的漂洗也可以通過使用更好的漂洗溶液來進行。
去除不充分的封閉
沒有正確的封閉, 免疫印跡的結果無法容易讀取. 不充分的封閉通常發生因為在孵育過程中的問題. 如果孵育的時間不足夠長，正確的區域不能得到封閉. 如果孵育的溫度不正確的話,封閉也不能完成. 也有化學試劑可以加入到這個過程中來進一步提高封閉.
保證封閉劑的兼容性
封閉劑, 如同在印跡實驗中使用的其他產品一樣，需要根據特定的應用進行調整. 使用錯誤的封閉劑很容易導致干擾和很差的難區分的印跡. 一些封閉劑基于血清蛋白的，而其他的是基于蛋白的。不同的抗體可以和封閉劑有潛在反應，所以有必要找到最合適的封閉劑. 無蛋白的封閉劑是良好封閉劑之一也是最容易的溶液.
降低抗體的濃度
通常高濃度的抗體會導致高的背景. 因為抗體濃度太高了，整個膜會被抗體所包被. 這會使得出決定性的結論很難. 當提到高濃度的抗體，只有很少一些解決方案可以解決?？贵w可進行恰當漂洗或更低濃度的抗體可以被使用. 膜或許也需要恰當的處理 -- 只要沒有過度干掉 -- 它不會吸收很多的抗體溶液.
高背景也會發生當使用的化學試劑和耗材不合適或質量很差. 在免疫印跡中高背景是經常顯著發生的多種問題之一。.
其他需要考慮的因素之前已經討論了就是轉印膜的選擇: PVDF膜或硝酸纖維素膜 - 哪種膜最好?. 一個經常被忽視的問題是膜的效期. 在使用膜之前, 確保它沒有過期同時被正確儲存。
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