偏光顯微鏡一般分為專業偏光和簡易偏光兩種。其是用于研究所謂透明與不透明各向異性材料的一種顯微鏡。偏光顯微鏡用于檢測具有雙折射性的物質，如纖維絲、紡錘體、膠原、染色體等等。和普通顯微鏡不同的是：其光源前有偏振片（起偏器），使進入顯微鏡的光線為偏振光，鏡筒中有檢偏器（一個偏振方向與起偏器垂直的的起偏器），這種顯微鏡的載物臺是可以旋轉的，當載物臺上放入單折射的物質時，無論如何旋轉載物臺，由于兩個偏振片是垂直的，顯微鏡里看不到光線，而放入雙折射性物質時，由于光線通過這類物質時發生偏轉，因此旋轉載物臺便能檢測到這種物體。因此凡具有雙折射的物質，在偏光顯微鏡下就能分辨的清楚，當然這些物質也可用染色法來進行觀察，但有些則不可能，而必須利用偏光顯微鏡。

　　將普通光改變為偏振光進行鏡檢的方法，以鑒別某一物質是單折射（各向同行）或雙折射性（各向異性）。雙折射性是晶體的基本特性。因此，偏光顯微鏡被廣泛地應用在礦物、化學等領域，在生物學和植物學也有應用。一般運用在植物學或者醫藥生物學領域的偏光鏡為簡易偏光鏡，只需在普通生物顯微鏡的基礎上添加偏光附件（檢偏器和起偏器）；在礦物、化學領域就需要專業偏光顯微鏡才能看清。專業偏光顯微鏡除了需要加裝起偏器和檢偏器之外，還需要配備專業的偏光物鏡以及偏光載物臺和偏光轉盤。

在顯微鏡下，由于某些物質的光學特性，普通正置顯微鏡不能看清楚其內部結構，而其擁有另外一種特性，比如細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，利用這種物質的光學特性，研發出了專業的顯微顯示設備，即熒光顯微鏡。熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具。熒光顯微鏡的準確定義是指選擇由高壓汞燈或類似光源發出的一定波長的激發光，激發細胞中某些被熒光染料標記的物質發射熒光，觀察細胞某種特異成分的分布狀態的顯微鏡。也可進行半定量測定。熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。熒光顯微鏡和普通顯微鏡有以下的區別：

　　1.照明方式通常為落射式，即光源通過物鏡投射于樣品上；

　　2.光源為紫外光，波長較短，分辨力高于普通顯微鏡；

　　3.有兩個特殊的濾光片，光源前的用以濾除可見光，目鏡和物鏡之間的用于濾除紫外線，用以保護人目。

　　熒光顯微鏡也是光學顯微鏡的一種，主要的區別是二者的激發波長不同。由此決定了熒光顯微鏡與普通光學顯微鏡結構和使用方法上的不同。

　　熒光顯微鏡是免疫熒光細胞化學的基本工具。它是由光源、濾板系統和光學系統等主要部件組成。是利用一定波長的光激發標本發射熒光，通過物鏡和目鏡系統放大以觀察標本的熒光圖像。其被廣泛的運用在生物學、醫藥研究領域。

顯微鏡汞燈是利用汞放電時產生汞蒸氣獲得可見光的電光源。一般的汞燈可分為低壓汞燈、高壓汞燈和超高壓汞燈三種。顯微鏡汞燈一般用于熒光顯微鏡的照明作用，配合熒光激發塊發出即發光。低壓汞燈點燃時汞蒸氣壓小于一個大氣壓，此時汞原子主要輻射波長為253.7nm的紫外線。常用的“日光燈”燈管內壁涂以鹵磷酸鈣熒光粉，再將紫外線轉變為可見光。節能型熒光燈內壁涂有稀土熒光粉，發光效率更高。