RNA提出取得的基本操作步驟
RNA的提出取得準備試藥:氯仿,異丙醇,75酒精,無RNase的水或0.5SDS(溶液均需用DEPC處置過的水配合制造)
操作步驟:
1. 勻漿處置:
① 團體 將團體在液氮中磨碎,每50-100mg團體參加1ml TRIzol,用勻漿儀施行勻漿處置。樣品大小不應超過TRIzol大小10。
② 單層培育細胞 直接在培育板中參加TRIzol裂解細胞,每10cm2平面或物體表面的大小(即3.5cm直徑的培育板)加1ml,用移液器吸打幾次。TRIzol的用量應依據培育板平面或物體表面的大小而定,不決定于于細胞數。TRIzol加量不充足有可能造成提出取得的RNA有DNA污染。
③ 細胞懸液 離心使聚在一起細胞,每5-10×106 動物、植物、釀母菌細胞或1×107球菌細胞參加1ml TRIzol,反反復復吸打。加TRIzol之前不要蕩滌細胞免得mRNA降解。一點釀母菌和球菌細胞需用勻漿儀處置。
2. 將勻漿樣品在室溫(15-30℃)干燥箱安放5分鐘,使核酸蛋白復合物離合。
3. 可選步驟:如樣品中包括較多氨基酸,脂肪,多糖或胞外事物(肌肉,植物支節局部等)可于2-8℃10000×g離心10分鐘,取上清。離心獲得的沉淀中涵蓋細胞外膜,多糖,高分子量DNA,上清中包括RNA。處置脂肪團體時,領導有數量多油脂應去除。取表白的勻漿液施行下一步操作。
4. 每運用1ml TRIzol參加0.2ml氯仿,猛烈振動15秒,室溫安放3分鐘。
5. 2-8℃10000×g離心15分鐘。樣品分為三層:底層為黃色有機相,領導為無色水相和一個半中腰層。RNA主要在水相中,水相大小約為所用TRIzol試藥的60。
6. 把水相轉移到新管中,如要離合DNA和氨基酸可保存有機相,進一步操作見后。用異丙醇沉淀水相中的RNA。每運用1ml TRIzol參加0.5ml異丙醇,室溫安放10分鐘。
7. 2-8℃10000×g離心10分鐘,離心前看不出RNA沉淀,離心后在管側和管底顯露出來膠狀沉淀。移去上清。
8. 用75酒精蕩滌RNA沉淀。每運用1ml TRIzol至少加1ml 75酒精。2-8℃不超過7500×g離心5分鐘,棄上清。
9. 室溫安放干燥或真空抽干RNA沉淀,大約晾5-10分鐘即可。不要真空離心干燥,過于干燥會造成RNA的溶解性大大減低。參加25-200μl無RNase的水或0.5SDS,用槍頭吸打幾次,55-60℃安放10分鐘使RNA溶解。如RNA用于酶切反響,勿運用SDS溶液。RNA也可用100的去離子甲酰胺溶解,-70℃保留。
常見問題剖析:
1. 得率低:
① 樣品裂解或勻漿處置不*
② RNA沉淀未溶解
A260/A280<1.65 :
① 檢驗測定吸光度時,RNA樣品沒有溶于水,而溶于了TE中。低離子液體濃度和低pH值條件下A280值偏高
②
樣品勻漿時加的試藥量太少③ 勻漿樣品時未在室溫安放5分鐘
④ 汲取水相時混入了有機相
⑤ RNA沉淀未溶解。
RNA降解:
① 團體抽取后沒有立刻處置或冷凍
②
待提出取得RNA的樣品沒有保留于-60至-70℃,而保留在了-5至-20℃③ 細胞在用胰酶處置時過度
④ 溶液或離心管未經RNase去除處置
⑤ 電泳時運用的甲醛pH值低于了3.5
DNA污染:
① 樣品勻漿時加的試藥量太少
②
樣品中包括有機溶劑(如酒精,DMSO等),強緩和沖突液或堿性溶液蛋白聚糖和多糖污染:沉淀RNA的過程中作以下改進可去除這些個污染,步驟7中,每運用1ml TRIzol在水相中加0.25ml異丙純和0.25ml高鹽溶液(0.8M寧檬酸鈉和1.2M NaCl)混合離心,按之前操作施行。這種辦法可使蛋白聚糖和多糖留在溶液中,沉淀出純RNA。從包括數量多多糖的植物中提出取得RNA時應在勻漿后離心,并加上以指出操作步驟。
注意事情的項目:
1.自小量樣品(1-10mg團體或102-104細胞)中提出取得RNA時可參加少量牲粉以增進RNA沉淀。例如加800ml TRIzol勻漿樣品,沉淀RNA前加5-10μg RNase-free牲粉。牲粉會與RNA一同沉淀出來,牲粉液體濃度不高于4mg/ml是不影響第1鏈的合成,也不影響PCR反響。
2.勻漿后加氯仿之前樣品可以在-60至-70℃保留至少一個月。RNA沉淀可以保留于75 乙醇中2-8℃一星期以上或-5至-20℃一年以上。
3.分層和RNA沉淀時也可運用臺式離心思,2600×g離心30-60分鐘。
預先期待產量:1mg團體或1×106細胞提出取得RNA作別為:
肝和脾6-10μg,腰子3-4μg,橫紋肌和腦團體1-1.5μg,臍帶1-4μg,上皮細胞8-15μg,成纖維細胞5-7μg 。