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普通的基因擴增儀(PCR儀)只能夠定性地分析是否存在目標片段。但是價格要低很多，而且運行成本也要低很多。不過不能直接得到擴增結果，還需要做電泳檢測。實際中檢測遺傳疾病，品種分子標記篩選，甚至親自鑒定等都可以由普通PCR儀完成。

但是，某些需要定量的實驗就必須用到實時定量PCR了。比如檢測某些病原物的數量(血液乙肝病毒復制程度)，特定基因的表達量(比如結合反轉錄做的RNA定量分析)，某些基因在染色體組中拷貝數(以前往往使用southern blot技術)等等。

熒光定量PCR儀與普通的PCR儀相比，多了熒光信號采集系統和計算機分析處理系統。熒光定量PRC一般不需要對擴增產物進行電泳分析，操作相對簡單些，但是耗材實在是貴。熒光定量PCR儀除了擴增，還能在擴增的同時檢測DNA發出的熒光信號，試劑和儀器都更貴。

總之，實時熒光定量PCR儀主要是用來定量分析和確定基因轉錄水平的，而普通的PCR儀是做定性分析和擴增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，而反之就不行了，況且這樣代價太大了，一般的實驗室都不允許這樣做的。兩者的功能不能互相取代。