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微生物環境監測在生物監測中占有特殊的地位
環境監測是測量代表環境質量的各種指標數據的過程，它包括環境分析、物理測定和生物監測。所謂微生物環境監測，就是利用生物環境污染的各種信息作為判斷環境污染狀況的手段。長期生活在大自然中，既能反映各種因素的綜合作用，又能反映環境污染的歷史狀況。因此，生物監測可以彌補理化分析檢測的不足，特別是微生物具有*的特性，與環境密切相關。因此，微生物方法在生物監測中占有特殊的地位。
（1）糞便污染指示菌
糞便污染指示菌的存在是水中糞便污染的一個指標。根據正常人糞便中微生物的分析測定結果，認為以大腸菌群和糞鏈球菌為指標較為合適，其中前者應用較為廣泛。
大腸菌群是指一大群好氧和兼性厭氧革蘭陰性桿菌，類似于大腸桿菌，能在48小時內發酵乳糖產生酸和氣體，包括大腸桿菌、檸檬酸菌、腸桿菌、克雷伯氏菌等。確定大腸菌群的常用方法有兩種：發酵法和濾膜法。
有兩種表示大腸菌群數量的方法。一是“大腸菌群數”，又稱“大腸菌群指數”，即1L水中所含大腸菌群的數量。二是“大腸菌群值”，指水樣中能檢出一個大腸菌群的最小水樣體積（ML）。數值越大，水中大腸菌群的數量越少。我國飲用水衛生標準規定，1L水中大腸菌群總數不得超過3個，即大腸菌群值不得低于333ml。
（2）水污染指示區
一般生物多適合清潔水，但也有一些生物在一定程度上適合污染水。在各種被污染的水體中，每一個都有自己的生物種類和組成。根據水域內的動物、植物和微生物，可以推斷水域的污染狀況，通過微生物環境監測確定污水的生物區。水體通常分為多污染區、中污染區和少污染區。中污染區分為A類中污染區和B類中污染區。