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中級(jí)會(huì)員 | 第22年

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實(shí)時(shí)熒光定量PCR工作原理

時(shí)間:2021/1/8閱讀:3730
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實(shí)時(shí)熒光定量 PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR) 

基本原理

    qPCR 技術(shù)是在反應(yīng)體系中加入熒光報(bào)告基團(tuán)和熒光淬滅基團(tuán),隨著 PCR 反應(yīng)的進(jìn)行,擴(kuò)增產(chǎn)物不斷積累,導(dǎo)致熒光信號(hào)不斷積累, 從而利用熒光信號(hào)的變化實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)整個(gè) PCR 進(jìn)程。
    根據(jù) PCR 定量原理公式可推導(dǎo)出, 模板起始拷貝數(shù)的對(duì)數(shù)與閾值循環(huán)數(shù)呈線性關(guān)系,模板起始拷貝數(shù)越多,熒光信號(hào)達(dá)到閾值的循環(huán)數(shù)越少,即 Ct 值越小。利用已知起始拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)樣品繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線,根據(jù)熒光基團(tuán)發(fā)出的熒光強(qiáng)度與 PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物的數(shù)量呈對(duì)應(yīng)關(guān)系, 只要對(duì)熒光信號(hào)進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)并得到未知樣品的 Ct 值,即可通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算未知樣品的起始拷貝數(shù)。
    Ct 值指 PCR 擴(kuò)增過(guò)程中,擴(kuò)增產(chǎn)物的熒光信號(hào)達(dá)到設(shè)定閾值時(shí)所經(jīng)過(guò)的擴(kuò)增循環(huán)數(shù)。相同模板進(jìn)行 96 次擴(kuò)增,終點(diǎn)處產(chǎn)物量不恒定,但 Ct 值卻重現(xiàn)性。


    模板 DNA 量越多,熒光達(dá)到域值的循環(huán)數(shù)越少,即 Ct 值越小。Log 起始模板濃度與 Ct 呈線性關(guān)系,通過(guò)已知起始拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品可作出標(biāo)準(zhǔn)曲線,根據(jù)樣品 Ct 值,就可以計(jì)算出樣品中所含的模板量。

 

 

目前常用熒光標(biāo)記方法

方法

優(yōu)點(diǎn)

缺點(diǎn)

應(yīng)用范圍

SYBR Green I

適用性廣

靈敏

方便

便宜

引物要求高

易出現(xiàn)非特異條帶

科研中對(duì)各種目的基因定量分析,基因表達(dá)量的研究,轉(zhuǎn)基因重組動(dòng)植物研究

Taqman

特異性高

重復(fù)性好

價(jià)格高

只適合特定目標(biāo)

病原體檢測(cè),疾病耐藥基因研究,藥物療效考核,遺傳疾病診斷

分子信標(biāo)

高特異性

熒光背景低

只適合特定目標(biāo)

設(shè)計(jì)困難

價(jià)格高

特定基因分析,SNP分析

 

熒光定量 PCR 反應(yīng)體系舉例

試劑

含量

2xGoTaq Master Mix

5µl

無(wú)核酸酶水

3.5µl

上游引物

0.25µl

下游引物

0.25µl

基因組 DNA

1µl(約20ng)梯度稀釋

共 10µl

 

儀器與耗材

    在普通 PCR 儀的基礎(chǔ)上增加一個(gè)熒光信號(hào)采集系統(tǒng)和計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng),就成了熒光定量 PCR 儀。其 PCR 擴(kuò)增原理和普通 PCR 儀擴(kuò)增原理相同,只是 PCR 擴(kuò)增時(shí)加入的引物是利用同位素、熒光素等進(jìn)行標(biāo)記,使用引物和熒光探針同時(shí)與模板特異性結(jié)合擴(kuò)增。擴(kuò)增的結(jié)果通過(guò)熒光信號(hào)采集系統(tǒng)實(shí)時(shí)采集信號(hào)連接輸送到計(jì)算機(jī)分析處理系統(tǒng)得出量化的實(shí)時(shí)結(jié)果輸出,把這 PCR 儀叫做實(shí)時(shí)熒光定量 PCR 儀 (qPCR 儀)。熒光定量 PCR 儀有單通道,雙通道,和多通道。當(dāng)只用一種熒光探針標(biāo)記的時(shí)候,選用單通道,有多熒光標(biāo)記的時(shí)候用多通道。單通道也可以檢測(cè)多熒光的標(biāo)記的目的基因表達(dá)產(chǎn)物,因?yàn)橐淮沃荒軝z測(cè)一種目的基因的擴(kuò)增量,需多次擴(kuò)增才能檢測(cè)完不同的目的基因片段的量。該儀器主要用于醫(yī)學(xué)臨床檢測(cè),生物醫(yī)藥研發(fā),食品行業(yè),科研院校等機(jī)構(gòu)。

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