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制備PCR反應模板
閱讀:1020 發布時間:2012-3-8傳統的核酸模板提取方法是采用去垢劑如SDS等來破壞細胞組份,溶解細胞膜, 使蛋白質變性,再用蛋白酶K來消化去除蛋白質,尤其是與DNA結合的蛋白質,再用 酚:氯仿抽提,然后用乙醇或異丙醇沉淀核酸,供PCR實驗用.但近幾年來也發展了些 簡便實用較為有效的標本消化處理方法.亦可滿足PCR實驗的要求.采用哪種方法消化 處理標本,視PCR實驗的目的(是科研還是檢測)及環境條件而定.
模板核酸的提取制備方法
(一)蛋白酶K消化裂解法:適用于所有標本的消化處理,尤以DNA樣品為佳.如組 織細胞(包括石蠟包埋組織)絨毛、毛發、精斑、血液(血清、血漿、全血)局部分泌 物、尿,糞便等.
1.試劑配制
①蛋白酶K消化液:10mmol/L Tris.cl(PH8.0)
10mmol/LEDTA
150mmol/LNaCL
0.5%SDS
100~200ug/ml蛋白酶K.
②蛋白酶K用水配成20mg/ml,臨用時加入消化液中.
2.提取方法:
有些標本、在用蛋白酶K消化前,還需預處理一下,如糞便、分泌物、痰液、組 織塊、石蠟包埋組織等,其方法有離心去掉雜質,脫蠟等.
臨床標本或經預處理的標本加蛋白酶K裂解液50~100ul.混勻,55℃1~3小時, 或37℃過夜.加等體積的飽和酚抽提1~2次,再加等體積的氯仿:異戊醇(49:1)抽提一 次,上清加入1/10體積的pH值5.23mmol/L醋酸鈉緩沖液,加入2.5倍體積的冰冷無水 乙醇(或加等體積的異丙醇)-20℃放置至少3h.取出后14000轉/min離心15min.小心吸 棄或倒出上清,沉淀加入75%冰冷乙醇15000r/min5min離心洗滌1~2次,特別小心的 吸棄或倒掉上清,真空或37℃溫箱或室溫干燥,加TE緩沖液20ul.溶解后,取3~8ul 用于PCR擴增,或放-20℃保存.
蛋白酶K消化法除上述經典處理法外,亦可在蛋白K消化處理標本,經離心處理 后,吸取上清經95~97℃或煮沸10min滅活蛋白酶K后,直接作核酸模板用于PCR擴增. 如雜質較多,還可經酚:氯仿抽提后,即可用于PCR反應.此法蛋白質及其它雜質消除 *,Taq酶活性不受影響,具有良好的重復性與穩定性.但操作繁復,技術要求高.
(二)直接裂解法:標本(組織細胞,分泌物)加PBS或生理鹽水離心洗滌后,加消化 裂解液20~50ul(0.5%NP-40和0.5%吐溫-20),95~98℃,15~30min以裂解病原體, 裂解細胞.然后12000r/min離心5~10min,取上清20~30ul用于PCR擴增.血清標本可 直加等體積的消化液,加熱處理離心后PCR擴增.亦有用5%的NP-40和1.5%2-ME做裂解 液,95℃30min消化處理,離心取上清,PCR擴增檢測HBV DNA.
(三)堿變性法:取血清20ul,加入1mol/L NaOH 20ul,37℃30min,離心,加 1mol/L HCl 20ul,離心后,取上清5ul,用于PCR擴增.*亦有用10ul血清加NaOH至 0.2mol/L,37℃1h,再加HCL中和離心后取上清10ul做PCR,其特異性和敏感性較前法 更好.
(四)煮沸法:經離心洗滌過的組織細胞,分泌物及血液標本,加適量無菌蒸餾水或PBS,混勻 后,100℃煮沸10~15min,14000r/min 10min,取上清做PCR.
(五)碘化鈉法:取組織細胞及抗凝血液10~100ul,加等體積的6MNaI,反復輕混 20s,加等體積氯仿:異戊醇(49:1)振勻后,離心取上清加0.6體積的異丙醇,混勻后 置室溫3min.14000r/min 10min,沉淀加10~100ul,TE溶解,取5~10ul做PCR,亦有 用100ul血清加裂解液300ul(6M NaI,0.5%十二烷基肌酸鈉,10ug糖原,26mmol/L pH8.0 Tris-HCL,13mmol/LEDTA)混勻后,60℃15min,加等體積異丙醇,離心沉定 后,加TE液用于PCR擴增,其產量和質量較高.
(六)異硫氰酸胍法
此法主要用于RNA的提取.標本為組織細胞及血清等.
1.異硫氰酸胍消化液
異硫氰酸胍4mol/L
檸檬酸鈉(PH7.0)25mmol/L
十二烷基肌酸鈉0.5%
β-巰基乙醇0.1mol/L
2.消化方法:用50~100ul細胞懸液及血清,加等體積的異硫氰酸胍消化液振混勻 后,或65℃1小時,或室溫放置數分鐘,然后加1/10體積的3mmol/L pH5.2的醋酸鈉緩 沖液,再加等體積的酚:氯仿,用力振搖約10s,10000r/min,離心5min,取上清加等 體積異丙醇-20℃放置3h后,14000r/min離心15min,沉定用75%冰冷乙醇離心洗滌1~ 2次,真空干燥,沉淀用TE緩沖液溶解即可用于逆轉錄PCR擴增,或放-20℃保存.
其它消化處理標本提模板核酸的方法有①異硫氰酸胍一二氧化硅法②異硫氰酸胍 -玻璃粉法.③Chelex-100法.④全血直接擴增法⑤尿素消化裂解法.各有千秋,可根據 情況選用.