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植物組織RNA提取的技巧
閱讀：2677 發(fā)布時(shí)間：2012-11-21植物組織RNA提取的技巧
從植物組織中提取RNA 是進(jìn)行植物分子生物學(xué)方面研究的必要前提。要進(jìn)行Northern雜交分析，純化mRNA 以用于體外翻譯或建立cDNA文庫，RT-PCR及差示分析等分子生物學(xué)研究，都需要高質(zhì)量的RNA 。因此，從植物組織中提取純度高、完整性好的RNA 是順利進(jìn)行上述研究的關(guān)鍵所在。
從文獻(xiàn)報(bào)道上看，有許多植物就是由于未能有效地分離純化其組織中的RNA ，而阻礙了其分子生物學(xué)方面研究的進(jìn)展。一般認(rèn)為在這些植物組織中，或富含酚類化合物，或富含多糖，或含有某些尚無法確定的次級(jí)代謝產(chǎn)物，或RNase的活性較高。在完整的細(xì)胞內(nèi)這些物質(zhì)在空間上與核酸是分離的，但當(dāng)組織被研磨，細(xì)胞破碎后，這些物質(zhì)就會(huì)與RNA 相互作用。酚類化合物被氧化后會(huì)與RNA 不可逆地結(jié)合，導(dǎo)致RNA 活性喪失及在用苯酚、氯仿抽提時(shí)RNA 的丟失，或形成不溶性復(fù)合物；而多糖會(huì)形成難溶的膠狀物，與RNA 共沉淀下來；萜類化合物和RNase會(huì)分別造成RNA 的化學(xué)降解和酶解。對于這些植物材料，用常規(guī)的RNA 提取方法（如胍法、苯酚法和十六烷基*基溴化胺法等）難以提取出其RNA 。如Lбpez-Gбmez等在用常規(guī)的方法提取芒果果實(shí)的RNA 時(shí)未能成功，他們的結(jié)果分為三種情況：提出的RNA 已被降解；RNA 的得率很低；得到的RNA 不能進(jìn)行體外翻譯。他們認(rèn)為在果實(shí)成熟時(shí)各種酶的活性增強(qiáng)，其中也包含RNase，不溶性的淀粉轉(zhuǎn)化為可溶性的多糖，芒果果實(shí)細(xì)胞壁中特殊的成份，以及果實(shí)中高含量的多酚化合物都是干擾RNA 提取的因素。Tesniere等在用苯酚法和胍法提取葡萄果實(shí)的RNA 時(shí)，發(fā)現(xiàn)RNA 與某種未知化合物凝聚成不溶性的復(fù)合物，并且這種未知化合物在230nm和270nm處有強(qiáng)的光吸收，從而干擾了RNA 紫外吸收的測定。因此能否有效地去除多糖、酚類化合物、RNase和干擾RNA 提取的其它代謝產(chǎn)物是提取高質(zhì)量植物RNA 成敗的關(guān)鍵。本文根據(jù)文獻(xiàn)綜述了解決上述植物RNA 提取過程中難點(diǎn)的相應(yīng)對策。
１ 防止酚類化合物的干擾
許多植物組織特別是植物的果實(shí)（如蘋果、櫻桃、李子、葡萄等）和樹木類植物中富含酚類化合物。酚類物質(zhì)的含量會(huì)隨著植物的生長而增加。因而從幼嫩的植物材料中更容易提取RNA 。此外，針葉類植物的針葉中多酚的含量比在落葉植物的葉子中要高得多。在植物材料勻漿時(shí)，酚類物質(zhì)會(huì)釋放出來，氧化后使勻漿液變?yōu)楹稚㈦S氧化程度的增加而加深，這一現(xiàn)象被稱為褐化效應(yīng)（browningeffect）。被氧化的酚類化合物（如醌類）能與RNA 穩(wěn)定地結(jié)合，從而影響RNA 的分離純化。但Newbury等發(fā)現(xiàn)RNA 提取的難易程度與材料中酚類物質(zhì)的總量之間并無相關(guān)性，因此認(rèn)為不是所有的酚類化合物都影響RNA 的提取。但一般認(rèn)為所謂的“縮合鞣質(zhì)”即聚合多羥基黃酮醇類物質(zhì)（如原花色素類物質(zhì)）是影響RNA 提取的一類化合物。目前去除酚類化合物的一般途徑是在提取的初始階段防止其被氧化，然后再將其與RNA 分開。
1.1 防止酚類化合物被氧化
還原劑法：一般在提取緩沖液中加入（-巰基乙醇、二硫蘇糖醇（DTT）或半胱氨酸來防止酚類物質(zhì)被氧化，有時(shí)提取液中（-巰基乙醇的濃度可高達(dá) 2%。（-巰基乙醇等還可以打斷多酚氧化酶的二硫鍵而使之失活。Su等認(rèn)為在過夜沉淀RNA 時(shí)加入（-巰基乙醇（終濃度1%）可以防止在此過程中酚類化合物的氧化。硼氫化鈉（NaBH4）是一種可還原醌的還原劑，用它處理后提取緩沖液的褐色可被消減，醌類化合物可被還原成多酚化合物。
螯合劑法：螯合劑聚乙烯吡咯烷酮（PVP）和聚乙烯聚吡咯烷酮（PVPP）中的CO－N＝基有很強(qiáng)的結(jié)合多酚化合物的能力，其結(jié)合能力隨著多酚化合物中芳環(huán)羥基數(shù)量的增加而加強(qiáng)。原花色素類物質(zhì)中含有許多芳環(huán)上的羥基，因而可以與PVP或不溶性的PVPP形成穩(wěn)定的復(fù)合物，使原花色素類物質(zhì)不能成為多酚氧化酶的底物而被氧化，并可以在以后的抽提步驟中被除去。用PVP去除多酚時(shí)pH值是一個(gè)重要的影響因素，在pH8.0以上時(shí)PVP結(jié)合多酚的能力會(huì)迅速降低。當(dāng)原花色素類物質(zhì)量較大時(shí)，單獨(dú)使用PVPP無法去除所有的這類化合物，因而需要與其它方法結(jié)合使用。
Tris-硼酸法：如果提取緩沖液中含有Tris-硼酸（pH7.5），其中的硼酸可以與酚類化合物依*氫鍵形成復(fù)合物，從而抑制了酚類物質(zhì)的氧化及其與RNA 的結(jié)合。這一方法十分有效，所以Lбpez-Gбmez等在提取緩沖液中不再加入其它還原劑。但如果Tris-硼酸濃度過高（＞0.2M）則會(huì)影響RNA 的回收率。
牛血清白蛋白（BSA）法：原花色素類物質(zhì)與BSA間可產(chǎn)生類似于抗原－抗體間的相互作用，形成可溶性的或不溶性的復(fù)合物，減小了原花色素類物質(zhì)與 RNA 結(jié)合的機(jī)會(huì)，因此提高了RNA 的產(chǎn)量。BSA與PVPP結(jié)合使用提取效果會(huì)更好。由于BSA中往往含有RNase，因而在使用時(shí)要加入肝素以抑制RNase的活性。
丙酮法：Schneiderbauer等用-70℃的丙酮抽提冷凍研磨后的植物材料，可以有效地從云杉、松樹、山毛櫸等富含酚類化合物的植物材料中分離到高質(zhì)量的RNA 。
Guillemant等和Ainsworth認(rèn)為低pH值（pH5.5）的提取緩沖液可以防止酚類化合物的離子化和進(jìn)一步的氧化。
1.2酚類化合物的去除
通過Li+或Ca2+沉淀RNA 的方法可以將未被氧化的酚類化合物去除。與PVP、不溶性PVPP或BSA結(jié)合的多酚，可以直接通過離心去除掉，或在苯酚、氯仿抽提時(shí)除去。 Manning利用高濃度的2-丁氧乙醇（50%）來沉淀RNA ，而多酚溶解于2-丁氧乙醇中而被除去。然后用含50%2-丁氧乙醇的緩沖液洗滌RNA 沉淀以去除殘留的多酚。他認(rèn)為即使多酚被氧化，其氧化產(chǎn)物仍可以溶解在高濃度2-丁氧乙醇溶液中而被去除，無需再用NaBH4來處理。
2 防止多糖的干擾
多糖的污染是提取植物RNA 時(shí)常遇到的另一個(gè)棘手的問題。植物組織中往往富含多糖，而多糖的許多理化性質(zhì)與RNA 很相似，因此很難將它們分開。在去除多糖的同時(shí)RNA 也被裹攜走了，造成RNA 產(chǎn)量的減少；而在沉淀RNA 時(shí)，也產(chǎn)生多糖的凝膠狀沉淀，這種含有多糖的RNA 沉淀難溶于水，或溶解后產(chǎn)生粘稠狀的溶液。由于多糖可以抑制許多酶的活性［15］，因此污染了多糖的RNA 樣品無法用于進(jìn)一步的分子生物學(xué)研究。在常規(guī)的方法中，通過SDS-鹽酸胍處理可以部分去除一些多糖；在高濃度Na+或K+離子存在條件下，通過苯酚、氯仿抽提可以除去一些多糖；通過LiCl沉淀RNA 也可以將部分多糖留在上清液中［7］。但即使通過這些步驟仍會(huì)發(fā)現(xiàn)有相當(dāng)多的多糖與RNA 混雜在一起，所以還需要用更有效的方法來解決植物RNA 分離純化時(shí)多糖污染的問題。
用低濃度乙醇沉淀多糖是一個(gè)去除多糖效果較好的方法。在RNA 提取液或溶液中緩慢加入無水乙醇至終濃度10%～30%，可以使多糖沉淀下來，而RNA 仍保留于溶液中。一般都是在植物材料的勻漿液中加入乙醇，如Lewinsohn等在從裸子植物的木質(zhì)莖中提取RNA 時(shí)，在勻漿上清液中加入乙醇至終濃度10%以沉淀多糖。但Tesniere等在從葡萄漿果組織中提取RNA 時(shí)，是在用CsCl超離心，乙醇沉淀之后的RNA 溶液中加入終濃度30%乙醇來沉淀多糖的，進(jìn)一步純化了RNA 樣品。
另一個(gè)常用的方法是醋酸鉀沉淀多糖法。Bahloul等在提取云杉組織的RNA 時(shí)在勻漿上清液中加入1/3體積的5M醋酸鉀（pH4.8）溶液以沉淀多糖；Ainsworth在提取酸模植物花組織的RNA 時(shí)加入的是1/5體積的5M醋酸鉀（pH4.8）溶液。Hughes等在提取棉花葉和花粉的RNA 時(shí)是加1/3體積的8.5M醋酸鉀（pH6.5）溶液到勻漿液中以除去多糖等雜質(zhì)。在提取某些植物材料的RNA 時(shí)，是將上述兩種方法結(jié)合使用。如Lбpez-Gбmez等在提取芒果中果皮的RNA 時(shí)，是在勻漿液中加入0.25體積的無水乙醇和0.11體積的5M醋酸鉀溶液以去除多糖雜質(zhì)。Su等在去除褐藻的多糖時(shí)，單獨(dú)使用乙醇或醋酸鉀都無效，只有兩者結(jié)合使用效果*。
Fang等認(rèn)為緩沖液中含有高濃度的NaCl有助于去除多糖。Chang等在提取松樹RNA 時(shí)，緩沖液中NaCl的濃度為2.0M和1.0M，通過氯仿抽提和乙醇沉淀RNA 將RNA 與多糖分離。Manning是將胡蘿卜種子等材料苯酚提取后的上清液稀釋，調(diào)節(jié)Na+離子濃度至80mM，然后加入0.4體積的2-丁氧乙醇來沉淀去除多糖。
3 減少蛋白雜質(zhì)的影響
蛋白質(zhì)是污染RNA 樣品的又一個(gè)重要因素。由于RNase和多酚氧化酶亦屬于蛋白質(zhì)，因而要獲得完整的、高質(zhì)量的RNA 就必須有效地去除蛋白雜質(zhì)。常規(guī)的方法是在冷凍的條件下研磨植物材料以抑制RNase等的活性；提取緩沖液中含有蛋白質(zhì)變性劑，如苯酚、胍、SDS、十六烷基*基溴化銨（CTAB）等，這樣在勻漿時(shí)可以使蛋白質(zhì)變性，凝聚；有的方法是利用蛋白酶K來降解蛋白雜質(zhì)。進(jìn)一步可以用苯酚、氯仿抽提去除蛋白質(zhì)。
Wilcockson利用蛋白質(zhì)與RNA 在高氯酸鈉溶液中的溶解度不同將它們分離。在70%高氯酸鈉溶液中，RNA 的溶解度大于蛋白質(zhì)的溶解度，因而將大部分蛋白質(zhì)沉淀下來。接著在離心上清液中加入兩倍體積的無水乙醇，這時(shí)RNA 能沉淀下來而能溶于70%高氯酸鈉溶液中的殘留蛋白質(zhì)仍然留在上清液中。這樣可以除去絕大部分的蛋白質(zhì)。
4 防止次級(jí)代謝產(chǎn)物的影響
從植物組織中提取高質(zhì)量RNA 的另一個(gè)難點(diǎn)是許多高等植物組織尤其是成熟組織能產(chǎn)生某些水溶性的次級(jí)代謝產(chǎn)物，這些次級(jí)代謝產(chǎn)物很容易與RNA 結(jié)合并與RNA 共同被抽提出來而阻礙具有生物活性的RNA 的分離。因不能確定這些次級(jí)產(chǎn)物具體是什么物質(zhì)，所以，目前還沒有什么特殊的方法來解決這個(gè)問題。Baker等綜合Hughes等的選擇性沉淀法、 Chirgwin的氯化銫梯度離心法和Iversen等的RNA 回收方法純化了松樹種子、成熟松樹針葉等植物組織的RNA 。
由于植物組織特別是高等植物組織細(xì)胞內(nèi)外組成成分的復(fù)雜多樣性，使得植物組織RNA 的提取相對于其它生物材料來說要困難的多。實(shí)踐中經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)，即使同一種植物的不同組織其RNA 提取方法會(huì)有很大的不同；含有某種干擾因素的不同植物材料，其適用的RNA 提取方法可能不同；即使是同一種植物同一種組織材料，但來源于不同基因型植株，其RNA 提取方法也可能不一樣。所以，對于某一植物或其組織來說，其相應(yīng)的RNA 提取方法必需經(jīng)過摸索和實(shí)踐才能確立。
隨著植物分子生物學(xué)研究領(lǐng)域的拓寬，可以肯定地說，在作為其研究基礎(chǔ)的植物材料RNA 提取過程中還會(huì)出現(xiàn)新的難點(diǎn)，但隨著不斷地探索和經(jīng)驗(yàn)的積累，科學(xué)工作者們一定會(huì)迅速地解決這些難點(diǎn)，為植物分子生物學(xué)的發(fā)展鋪平道路。
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