1.色譜柱的平衡：反相色譜柱由工廠測試后是保存在乙腈/水中的。新柱應先使用10－20倍柱體積的甲醇或乙腈沖洗色譜柱。請一定確保您分析樣品所使用的流動相和乙腈/水互溶。每天用足夠的時間以流動相來平衡色譜柱，您就會在處理問題方面獲得大的"補償"，而且您的色譜柱的壽命也會變得更長！操作步驟： a.平衡開始時將流速緩慢地提高，用流動相平衡色譜柱直到獲得穩定的基線（緩沖鹽或離子對試劑流速如果較低，則需要較長的時間來平衡）b. 如果使用的流動相中含有緩沖鹽，應注意用純水"過渡"即每天分析開始前必須先用純水沖洗30分鐘以上再用緩沖鹽流動相平衡；分析結束后必須先用純水沖洗30分鐘以上除去緩沖鹽之后再用甲醇沖洗30分鐘保護柱子。液相色譜柱的維護。
2 色譜柱的再生： 長期使用的色譜柱，往往柱效會下降（柱子的理論塔板數減低）。可以對色譜柱進行再生，在有條件的實驗室應使用一個廉價的泵進行柱子的再生。建議用來沖洗柱子的溶劑體積色譜柱尺寸 柱體積 所用溶劑的體積 125-4mm        1.6ml       30ml 250-4 mm       3.2ml       60ml 250-10mm       20ml        400ml
選擇再生方法：極性固定相（如Si，NH2*，DIOL基色譜填料）的再生：正庚烷→氯仿→乙酸乙酯→丙酮→乙醇→水非極性固定相（如反相色譜填料RP－18，RP－8，CN等）的再生：水→乙腈→氯仿（或異丙醇）→乙腈→水 注意：a. 在對NH2改性的色譜柱進行再生時，由于NH2可能以銨根離子的形式存在，因此應該在水洗后用0.1M的氨水沖洗，然后再用水沖洗至堿溶液*流出。 b.0.05M稀硫酸可以用來清洗已污染的色譜柱，如果簡單的用有機溶劑/水的處理不能夠*洗去硅膠表面吸附的雜質，在水洗后加用0.05M稀硫酸沖洗非常有效。
3. 色譜柱的維護：
a．使用預柱保護分析柱（硅膠在極性流動相/離子性流動相中有一定的溶解度）
b．大多數反相色譜柱的pH穩定范圍是2－7.5，盡量不超過該色譜柱的pH范圍
c．避免流動相組成及極性的劇烈變化
d．流動相使用前必須經脫氣和過濾處理
e．如果使用極性或離子性的緩沖溶液作流動相，應在實驗完畢柱子沖洗干凈，并保存于甲醇或乙腈中f．氯化物的溶劑對其有一定的腐蝕性，故使用時要注意，柱及連接管內不能長時間存留此類溶劑，以避免腐蝕。