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    Feulgen stain 的原理是DNA經溫和的弱酸(例如鹽酸)水解后，嘌呤堿與脫氧核糖間的糖苷鍵被打開，并且使脫氧核糖與磷酸間的磷酯鍵斷開，在脫氧核糖的一端形成游離的醛基。醛基在原位與Schiff reagent結合，形成紫紅色化合物，使細胞內含有DNA的部位呈紫紅色。紫紅色的產生是因為反應產物的分子內有醌基（醌基是一個具有顏色的發色團），所以凡含有DNA的部位，就呈紫紅色。
    染色后用SO2水洗片，目的是洗去多余的非特異性色素及擴散的染料。亞硫酸可與堿性品紅反應生成品紅亞硫酸，從而可以將用schiff劑染色時所殘留的堿性品紅反應掉。使其更加清晰、潔凈。