硅膠因其優良的機械強度和表面易改性等特征，已成為應用廣泛的色譜柱填料。硅膠柱具有柱效高、選擇性好及分析速度快等特點，因而被廣泛用于分離極性小分子如藥物，而用于糖、肽或蛋白質分離較少。
硅膠色譜柱主要是通過硅膠的硅羥基吸附能力進行物質的分離，填充顆粒主要是硅膠，所用溶劑常見的是乙酸乙酯，石油醚，不能使用水，對于極性差別比較大的物質分離效果好。
硅膠色譜柱使用方法：
1、稱量
200-300目硅膠，稱30-70倍于上樣量；如果極難分，也可以用100倍量的硅膠H。干硅膠的視密度在0.4左右，所以要稱40g硅膠，用燒杯量100ml也可以。
2.攪成勻漿
加入干硅膠體積一倍的溶劑用玻璃棒充分攪拌。如果洗脫劑是石油醚/乙酸乙酯/丙酮體系，就用石油醚拌。
3.裝柱
將柱底用棉花塞緊，不*海沙，加入約1/3體積石油醚，裝上蓄液球，打開柱下活塞，將勻漿一次傾入蓄液球內。隨著沉降，會有一些硅膠沾在蓄液球內，用石油醚將其沖入柱中。
4.壓實
沉降完成后，加入更多的石油醚，用雙聯球或氣泵加壓，直至流速恒定。柱床約被壓縮至9/10體積。無論走常壓柱或加壓柱，都應進行這一步，可使分離度提高很多，且可以避免過柱時由于柱床產生開裂。
5.上樣
干法濕法都可以。海沙是沒必要的。上樣后，加入一些洗脫劑，再將一團脫脂棉塞至接近硅膠表面。然后就可以放心地加入大量洗脫劑，而不會沖壞硅膠表面。
6.過柱和收集
柱層析實際上是在擴散和分離之間的權衡。太低的洗脫強度并不好，推薦用梯度洗脫。收集的例子：10mg上樣量，1g硅膠H，0.5ml收一餾分；1-2g上樣量，50g硅膠（200-300目），20-50ml收一餾分。
7.檢測
要更多地使用專用噴顯劑，如果僅用紫外燈，會損失較多產品，紫外的靈敏度一般比噴顯劑低1-2個數量級。
8.送譜
收集的產品旋干，在送譜前通常需要重結晶。如果樣品太少或為液體，可過一小凝膠柱，作為送譜前的最后純化手段。可除去氫譜1.5ppm左右所謂的“硅膠”峰。
高純硅膠色譜柱的儲存方法：
1、避免用純凈水沖洗鍵合致密的C18柱。
2、防止緩沖溶液和水溶液流動相產生微生物，做到流動相用多少配多少，或在水流動相中加200ppm的疊氮鈉以抑制細菌成長或在流動相中加20%的有機改性劑，也可抑制微生物生長，有機改性劑還有助于流動相脫氣。
3、使用緩沖溶液后的產品，應用15～20倍柱體積的不含緩沖劑的同種水—有機溶劑流動相沖洗色譜柱，后換成有機溶劑儲存。
4、將兩端用堵頭擰好，以免柱床填料干裂。
5、盡可能將色譜柱貯存于*有機溶劑中，避免在緩沖溶液中保存。
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