反相液相色譜可供選擇的固定相種類繁多令人眼花繚亂，即使是某一種固定相(例如C18)的可選擇種類也是很多的。
老實說，我們的很多方法開發都是在嘗試和錯誤中進行，這些都是基于我們喜愛的供應商提供的成熟的或者新興的固定相。即使是先進的含有仔細考量的正交化及電腦優先洗脫設計的“篩選”平臺，有時也不得不采取“色譜的本能”。
反相色譜中的保留是基于被分析物、流動相、鍵合相以及鍵合了配體的硅膠表面的活性和其可接觸性之間的平衡。 想要搞清楚影響分離效果的保留機理，就要考慮并明確化學鍵合相、活性硅膠表面的處理、硅膠表面的可接觸性等因素，這些都將影響色譜柱的原始選擇性及方法開發的優化。
在大多數反相分離中色散作用是起主要作用的，尤其是那些使用未改性的烷基配體(C18、C8、C4)，其保留能力是與被分析物的疏水性成正比的。含有芳香基團或不飽和基團的固定相或被分析物進行分析時，電荷轉移(或π-π)作用是起主要作用的。偶極-氫鍵相互作用對于極性化合物的保留是很重要的，含有“氰基”的固定相會增強對極性化合物的保留。被分析物的電離部分與硅膠表面之間存在靜電作用力，這是由于硅膠表面有殘留的可離子化的硅醇基。
當前有許多色譜柱分類系統存在，這些系統都是基于對已知化學探針物質的檢測，從而來描述固定相的*特性。該數據庫采用保留(1,2)的疏水減法模型來描述固定相的疏水性(H)，判斷疏水性類似而有不同形狀或流體力學體積的被分析物的空間結構選擇性參數(S),在pH值為7.0和2.8時的氫鍵(作為路易斯酸或路易斯堿)和靜電作用參數(C)。pH值為7.0時硅醇基活性很強，pH為2.8時具有酸性的硅醇基將會與極性或可離子化的被分析物發生作用產生拖尾。*的或正交的固定相一般會有較大的S、B和C(7.0)值。這些大型的數據庫對于比較固定相的特點是很有用的，“雷達圖”也是另一種比較固定相特點的有用方式。
