液相色譜柱的分類方法很多，可按鍵合相類型、用途（分析型與制備型）、基質種類等進行分類。

1 、硅膠基質柱（4大類）

目前，分析型液相色譜柱多為硅膠基質柱，細分為：

高純硅膠柱：以高純度硅烷化硅膠（Silica）為填料，應用范圍較廣，但只能在PH2.0-7.5，小于60度的條件下使用。又由于強極性硅羥基（Si-OH)的次級保留效應較強，所以應用受到局限，已被鍵合相柱所取代。

反相硅膠柱：是以硅烷化硅膠為基質，表面鍵合弱極性官能團的固定相。目前多用C18（ODS）、C8（MOS）、C4（B）、C6H5（phenyl，苯基）等。用于分離大多數有機化合物，應用范圍廣。

正相硅膠柱：是以硅烷化硅膠為基質，表面鍵合極性官能團的固定相。目前較多的為：NH2—（氨基）、CN—（氰基）、DIOL（二羥基，也常做HILIC單獨分類列出，多用于分離有機酸、蛋白質等）。多用于分離光學異構體和反相柱子不能分離的極性比較大的物質。

離子交換柱：是以硅烷化硅膠為基質，以磺化交聯鍵合強陽/陰離子基團（磺酸鹽/季銨堿）的固定相，又分為強酸性、強堿性、弱酸性、弱堿性等不同規格。用于分離解離性較強的有機鹽類化合物。（注意：不要同離子色譜混淆，離子色譜主要是分離無機鹽類化合物或某些帶點離子。）

2、聚合物基質柱

聚合物基質柱是指采用聚苯乙烯—二乙烯基苯、聚甲基丙烯酸脂、多孔性微球蛋白等聚合物凝膠作為主要填料的一類色譜柱。其相對于硅膠柱具有更強的疏水性及更寬泛的pH范圍（1.0～14.0），但柱效較低，目前主要應用于凝膠滲透色譜（GPC）、凝膠過濾色譜（GFC）及分子排阻色譜（MEC）。主要用于分離蛋白質類等大分子化合物。
 

3、其他無機物填料柱

這類色譜柱于特殊用途，主要有石墨化碳、氧化鋁（Al2O3）、氧化鋯（ZrO2）等填料。不需要進行表面改性，其自身表面即可對各類化合物有強保留。可在任意pH（氧化鋁除外，不能大于12.0）及高溫度（可達100℃）下使用。其中，石墨化碳填料柱能分離多種化合物，主要用于分離幾何異構體；氧化鋁柱剛性強，柱床穩定，可分離多種化合物且多用于制備色譜；氧化鋯柱較氧化鋁柱有更強的pH適用范圍及能耐受更高的溫度，但其應用尚待進一步研究。