在色譜分析過程中常常需要使用緩沖鹽來調節流動相的pH 值，緩沖鹽的不當使用對色譜柱可能造成柱壓升高、柱效下降以及使化合物的保留時間發生變化等影響：
1）柱壓升高；
原因：緩沖鹽使用不當導致緩沖鹽析出，堵塞塞板和鍵合相顆粒之間的孔隙，阻礙流動相傳質，引起柱壓升高。
2）相同化合物的保留時間發生變化；
原因：如果沒有沖洗干凈就進行進樣，色譜柱內含有的鹽會使化合物的保留時間發生變化。
3）柱效下降；
原因：
i 有些緩沖鹽會滲入到鍵合相的深處，損害硅膠基體，導致色譜柱鍵合相流失，柱床變松，柱效下降；
ii 凝結在鍵合相表面，使C18 碳鏈難以舒展，對物質的保留能力下降，導致柱效下降。因此用過緩沖鹽后需要對色譜柱進行沖洗，水中緩沖鹽濃度較大時應特別引起注意。