高通量單細胞基因組甲基化測序（scRBS）
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
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- 廠商性質 生產廠家
- 更新時間 2023/3/3 17:12:39
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大家好，這是專注表觀組學十余年的易基因。
與常規RRBS不同，高通量單細胞甲基化測序sc-RBS由于從單個細胞輸入的DNA量很少，常規方法不能保證目標DNA在最后的擴增過程中保持不變，因此sc-RBS在降損方面進行細化。易基因建立的高通量單細胞甲基化測序sc-RBS技術無需純化，通過限制性內切酶消化、接頭連接過程和在單管中轉化重亞硫酸鹽，是一種專注于將純化過程中發生的損失降至較低的方法。
應用方向：
細胞發育：生殖細胞或胚胎細胞的成熟受到特定基因表達的影響，這與DNA中的甲基化水平相關。
疾病相關研究：在各種疾病中（尤其癌癥），具有正常細胞所不具有的DNA甲基化模式，從而導致基因表達水平的差異。
樣本：高通量單細胞甲基化測序特別適用于難以取得的樣本和細胞異質性較大的組織樣本。
技術優勢：
起始量：單細胞或1-10個細胞；
分辨率高：單堿基分辨率；
細胞檢測通量高：可對上百成千個單細胞進行甲基化檢測
CG覆蓋位點高：CG位點覆蓋可達4-8M；
性價比高：單個細胞檢測費用低至千余元。
技術路線：
實驗策略：
分析內容：
送樣要求：
技術指標：
經典案例
sc-RBS+RNA-seq測序揭示AFTB1誘導S期阻滯L02細胞肝毒性新機制
Single-cell sequencing reveals novel mechanisms of Aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in S phase-arrested L02 cells
背景
大量研究證據表明AFTB1（Aflatoxin B1 ,AFB1）誘導的毒性包括抑制細胞增殖、氧化應激、DNA損傷、細胞周期阻滯和細胞凋亡，特別是針對肝臟細胞具有強烈的毒性。但AFB1毒性的表觀遺傳機制目前尚不清楚，需要進一步探討。
方法
本研究通過單細胞測序技術（scRNA-seq + sc-RRBS）研究AFB1誘導S期阻滯L02細胞肝毒性機制。
結論
單細胞測序技術結果發現AFB1可誘導細胞凋亡和細胞周期S期阻滯，降低線粒體膜電位(ΔΨm)，增加活性氧(ROS)生成。通過gonadotropins，Gn釋放激素受體通路，Wnt信號傳導通路，TGF-β信號通路等調節DNA甲基化水平。研究結果揭示了AFB1對S期阻滯L02細胞誘導的肝毒性機制，其中DNA甲基化通過調控gonadotropins，Gn釋放激素受體通路、Wnt信號傳導通路和TGF-β信號通路發揮作用，為進一步研究精確毒理學提供了新的探索策略，包括靶細胞選擇、多組非定向測序和通路分析。
圖：基于單細胞測序結果，研究人員提出AFB1誘導的S期阻滯L02細胞肝毒性調節機制的假設
參考文獻：
Zhang B, Dai Y, Zhu L, He X, Huang K, Xu W. Single-cell sequencing reveals novel mechanisms of Aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in S phase-arrested L02 cells. Cell Biol Toxicol. 2020 Dec;36(6):603-608.
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