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熒光顯微鏡是用短波長的光線照射用熒光素染色過的被檢物體，使之受激發后而產生長波長的熒光，然后觀察。熒光顯微鏡廣泛應用于生物等領域。
(1)熒光顯微鏡一般分為透射和落射式兩種類型:
a.透射式：激發光來自被檢物體的下方，聚光鏡為暗視野聚光鏡，使激發光不進入物鏡，而使熒光進入物鏡。它在低倍情況下明亮，而高倍則暗，在油浸和調中時，較難操作，尤以低倍的照明范圍難于確定，但能得到很暗的視野背景。透射式不使用于非透明的被檢物體。
b.落射式：透射式目前幾乎被淘汰，新型的熒光顯微鏡多為落射式，光源來自被檢物體的上方，在光路中具有分光鏡，所以對透明和不透明的被檢物體都適用。由于物鏡起了聚光鏡的作用，不僅便于操作，而且從低倍到高倍，可以實現整個視場的均勻照明。
(2)熒光鏡檢術的注意事項:
a.激發光長時間的照射，會發生熒光的衰減和淬滅現象，因此盡可能縮短觀察時間，暫時不觀察時，應用擋板遮蓋激發光。
b.作油鏡觀察時，應用"無熒光油"。
c.熒光幾乎都較弱，應在較暗的室內進行。
d.電源裝穩壓器，否則電壓不穩不僅會降低汞燈的壽命，也會影響鏡檢的效果。
目前許多新興生物研究領域應用到熒光顯微鏡，如基因原位雜交(fish)等等。
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